以倒敘的手法，鏡頭首先停佇在醫院病房，疾病纏身的年邁老母，在生命即將進入倒數計時之餘，要求女兒拿出牛皮公事包裡那本積藏多年的日記，任性的要求女兒好好從第一頁開始給她唸起… …
但在這之前老母親講了一個意味深長的小故事，聽說二戰結束期間，有一知名的鐘錶匠得知愛子命喪沙場的殤訊後，便焚膏繼晷的投入製作火車站前大掛鐘的工作，無數個日子過去，終於來到揭幕典禮，就連羅斯福總統此等重要人物都親自出席，鐘匠揭下輕置於鐘面上的幕簾，映入眾人目光的竟然是一個逆時的時鐘。
“I made it that way so that the boys that we lost in the war might stand and come home again. Home to farm, work, have children. To Live long, full lives. Perhaps my own son would come home again.“ (我有意這麼做，如此一來，我們在戰場上痛失的兒子們就可能再站起來回家、回到耕作、工作，孕育孩子，並安養天年，也或我自己的兒子就也能回到家中。)
所以時間，到底是個什麼東西？
是一條橫軸？還是一條縱軸？是普及於宇宙間的真實？還是人造的抽象概念？
就在這樣的一連串現階段無解的迷思中，一個不一樣的個體，證明了時間的不抽象性，或許它是條可以來回的直線，可惜，絕大部分的人只有單一方向行走的選擇。
日記的第一頁寫著：
我沒有太多的財產，沒錢， 真的，我會以等同孤獨的方式離開這世界，亦如我來到這世界一般，目前所擁有的也只是我的故事，想在遺忘之前，書寫下來. 我的名字是班傑明，班傑明．波頓(Benjamin Button)，出生在一個不尋常的情況下，第一次世界大戰結束的那一晚…
班傑明，一個在不尋常情況下出生的不尋常人物，出生時異常老化，被親生父親拋棄、被醫生斷定時日無多，這樣的一個不幸的綜合體，卻有著最不平凡的天賦，他逆齡成長著，當時間無情的從人們身邊一點一點的偷去，青春、美貌、活力以及對生命的熱情時，班傑明卻從時間的身邊偷去了這些，像是一艘孤獨的船隻，他緩緩的逆水而上，望著沖刷人群的歲月之流從身旁流逝，自己卻反倒是越活越年輕。生於衰老，死於盛幼，到底是個怎麼樣的特殊例子呢？
也正是因為這樣的與眾不同，讓他在人生中遇見了那群看破皮相，以誠相待的眾生相，其中有視他如己出的黑人養母、不愛付薪水的船長、那位在俄國遇見的情婦…當然，還有那位讓班傑明魂牽夢縈的存在，讓他一見鍾情的女孩－黛西(Daisy)，錯過，相遇，再次錯過，又再次相遇。於生命旅程的中途，他們抓緊了彼此，這是一段反向、平行、互補的愛情故事，一段很類似於雙股螺旋 DNA 的愛情。
＂It’s was a thanksgiving, 1930. I met the person who changed my life forever.＂
(那是 1930 年的感恩節， 我遇見了從此改變我這輩子的那個人。)
班傑明與黛西他們在年少時遇見彼此，一老一少，種種的不合時宜，拖著兩個人走向了不同的人生道路，即便如此，心裡卻自始至終牽掛著對象，每個灑滿星子的漆黑夜裡，都能聽到他們無意識的輕聲向遠方的伊人，互道盡最溫柔的晚安。
＂Goodnight, Benjamin.＂
＂Goodnight, Daisy.＂
一次次的別離又重逢，到底什麼時候才是相愛的時機點? 慢慢地，黛西受到時間的洗練，蛻變成散發成熟氣息的女人，而班傑明也因為時間從白髮蒼蒼、步履蹣跚的小老頭，轉變成英姿煥發、相貌堂堂的男子，當外貌到達差不多歲數的時候，彼此在乎的兩個人是不是就能好不容易的走到一塊了呢？
＂You were born in 1918, 49 years ago. I’m 43. We are almost the same age. We’re meeting at the middle.＂
＂We finally caught up with each other＂
要讓這樣兩人在生命中繼點相遇，使得兩條平行的線再交會，必然需要發生些許的意外，你曾想過生命裡的某些奇蹟不就是因為發生了 A，才遇見了 B， 因為 B 又造成了 C….如果 A 事件未曾發生，是不是今天的我，就不是今天的我了？世人皆說：「不要在錯的時間裡，遇見對的人，那只會造成錯過，也不要在對的時間裡，遇見錯的人，那也只是浪費時間。」那對的時間裡，遇見對的人，該說是何等的幸運，還是一種難能可貴的注定呢？
＂Thank god we didn’t met when I was 26. I was too young and you were too old.”
最終，相愛的他們，還是不得不討論班傑明異於常人的體質將帶來的問題，用另一種面向去看，這似乎是禍非福，是種注定無法執子之手，與子偕老的詛咒，班傑明心裡想的清楚明白，但黛西看不清未來的嚴峻，看不見她的男人一路以來走過的滄海桑田有多寂涼。曾經，班傑明在養母居住的養老院裡遇見了一位待他如子的老太太，她是這樣說的：
＂I’d feel sorry for you… …to have to see everyone you love die before you do. It’s an awful responsibility. We’re meant to lose people we love. How else would we know how important they are to us? ＂(我為你感到抱歉……必須看著每個你愛的人死於你之前，這是個糟糕的責任。我們都注定要失去我們愛的人，不然又怎能明白他們對我們來說有多重要呢？)
不成熟的愛情是炙熱濃烈卻又自私的，那是屬於十幾二十歲的人可以擁有的幼稚，太年輕的靈魂還沒學會放手的藝術，仍不懂什麼叫做一個人承受兩人份的痛苦，不懂看似殘忍的作為，掩藏的是無盡深情。
於是，班傑明替他們的關係，做了最後也是最終的決定，因為太在乎，因此在那漫漫長夜裡衷心希望那陪伴她的人，不是可能長滿青春痘，正值叛逆期，需要被積極管教的自己，因為太在乎，所以不要成為此生摯愛的負累，只要她過的好，過的開心，即便這代表往後的日子裡，能給她溫暖，讓她從此不寂寞的人，將不再是自己，也無怨無悔。
＂Everyday I have more rankles. It’s not fair. How does it feel like growing young? ＂
＂I don’t know. I have always been looking out with my own eyes. ＂
＂Will you still love me when my skin grows old and saggy? ＂
＂Will you still love me when I have acne, when I wet the bed and I’m afraid of what’s down the stairs?＂
帶著遺傳物質性質的愛情
在 20 世紀中葉到來前，生物學家一直很好奇構成染色體的兩大主要物質中，究竟何者才是遺傳物質的真身？是蛋白質？ 核糖核酸(RNA)？還是去氧核醣核酸(DNA)？ 相較於 DNA 只有四種鹼基，蛋白質看似具備更多樣性的變化，20 種胺基酸可以做出千變萬化的排列組合，但又有誰可以預見生命的密碼，卻只是由那簡簡單單的四個鹼基來仲裁？ A 配 T， C 配 G，就這樣在雙旋螺的兩條細長骨幹上， 嵌入兩道相反的密碼，像鏡面一樣的相互輝映著彼此，相反的密碼乘載著共同的一個故事， 一個從 5’ 到 3’ 端，另一個是逆向的 3’ 到 5’ 端。
像是班傑明與黛西那樣，兩人在生命中相識相遇的過程就好比 DNA 的 antiparallel 的特性，生命的兩個極端，一老一少，用平行卻又反向方式，走近彼此的生活，中間的氫鍵好比他們的一次次短暫的相遇點，每次的會逢，兩個孤獨不已的靈魂，總能從對方身上看見自己可以不再寂寞的條件，柏拉圖相信注定相愛的兩個人就像是兩個半圓，不停地兜著圈子尋找可以完整自己的特殊存在，有時候，這並不是所謂的個性互補，而是真正的互補，因為沒有這個人，你的人生只會剩下空憾，沒有這個人，你的世界將會是斷岩殘壁。
但正當空氣間都瘋狂瀰漫著慾望的化學因子時，這兩個人卻又用最不邏輯的方式，用力的推開彼此，分離，有時候，真的就是這麼簡單，磷酯鍵（phospodiester bond）穿動了時間的方向性，領著太過於深愛彼此的兩人，走到那必然要分離的盡頭。什麼時候是真正的分離，直到你不愛我為止嗎？那如果我會一直愛你，該怎麼辦？那就直到時間的盡頭為止吧！
唯有死亡，才能讓這麼緊密的結構，宣告終結，DNA 的死亡 ，不就是等待著去氧核糖酸酶（DNase）來水解截斷磷酯鍵形成的骨幹嗎？或許，「上邪」一詩所描寫的堅韌愛情，不曾離漫長的時空而抽象：「山無稜，江水為竭，冬雷震震，夏雨雪，天地合，乃敢與君絕。」
死亡的必然
年輕可以是一種表象，而衰老是被設定書寫在染色體裡的。
DNA 的複製過程中，依循著 5’ 到 3’ 的方向，開始複製之前，因為相反方向向但又必須依循相同規則進行正向複製的緣故，反向股無法如正向股那樣，馬上輕輕鬆鬆地開始做複製，須由一段 RNA 來作為引子，聚合酶（DNA polymerase）才能進行動作，而後， 其他的酵素會進來執行全面剔除核糖核酸的動作， 以維持去氧核醣核酸的完整性，當最後一個 RNA 引子遭到移除時， 會形成末端處的大約 50 到 200 個核酸的空隙， 如此一來，一連串的複製後，DNA 末端也會隨著分裂 次數的增加而變短，所幸，有一個叫做端粒的結構來保護我們的 DNA，但這樣的結構也有慘遭耗損，直到無法再保護遺傳物質，到達「黑弗利克極限」（Hayflick limit），由於老年人的細胞經過較多次的分裂，端粒損耗較多，最後逐漸走向複製衰老。
誠如高中生物老師所言:「死亡是世界上最完美的機制。」因此，即便像是班傑明一樣的存在, 也難逃這完美機制的獵殺，用天擇的巨觀角度去思考 ,大自然沒必要留下失去繁衍能力的老化個體(黛西) ，也沒有必要留下繁衍能力不成熟的幼化個體(班傑明)，其實，死亡也是一種變相的浪漫，這樣就能和相愛的人一起化為回諸天地的分子，一起歸零，如果生命是一種循環，或許，你們會以不同的面貌，久別重逢。
「晚安了，班傑明。」
「晚安了，黛西。」
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